Εκεί αποφασίζει ότι το μόνο που τον ενδιαφέρει είναι η σύνθεση.
Στο Βερολίνο έγραψε πάνω από 70 έργα, τα περισσότερα από τα οποία χάθηκαν.
Σχετίζεται με τον Κούρτ Βάιλ και γίνεται μαθητής του Άρνολντ Σένμπεργκ που είχε εισαγάγει το δωδεκαφθογγικό σύστημα.
Το 1933 γυρίζει στην Ελλάδα λόγω οικονομικών δυσκολιών και των Ναζί στην Γερμανία.
Προσγειώνεται ανώμαλα σε μία επαρχιώτικη Αθήνα. Δεν γίνεται αποδεκτός από το κατεστημένο της συντηρητικής Ελλάδας της δεκαετίας του 30, παίρνει εχθρικές κριτικές και αγνοείται. Παθαίνει κατάθλιψη. Από το Βερολίνο του μεσοπολέμου και την ατμόσφαιρα της πρωτοπορίας των κινημάτων και των φιλοσοφικών αναζητήσεων της περιόδου της δημοκρατίας της Βαϊμάρης ( νεωτερικότητα, κβαντομηχανική, κύκλος της Βιέννης, μουσικά ρεύματα, Μ. Μπρεχτ κ.α. ) και της ανέμελης ζωής, το πειρακτήρι ο Σκαλκώτας, βρίσκεται σε εχθρικό περιβάλλον. Γίνεται ένας κλειστός άνθρωπος απομονωμένος από τον περίγυρο του.
Για να ζήσει, δίνουν στον ( βιρτουόζο του βιολιού ) Σκαλκώτα μία θέση στην ορχήστρα του Ωδείου Αθηνών, στην πίσω σειρά των βιολιών.
Μόνη του διέξοδος η σύνθεση. Συνθέτει μανιωδώς ξέροντας ότι τα έργα του δεν πρόκειται να ακουστούν όσο ζει.
Εκεί βγάζει όλη την εκφραστικότητα και την σκοτεινιά της ψυχής του.
Από το 1935 και ως το 1945, μία δύσκολη περίοδος για την Ελλάδα και αυτόν, είχε γράψει πάνω 100 έργα. Κλεισμένος στον δικό του κόσμο και αποκομμένος εντελώς από τις ευρωπαϊκές τάσεις ανέπτυξε ένα δικό του, εντελώς προσωπικό ύφος.
Πέθανε 45 χρονών, στις 20 Σεπτεμβρίου 1949 από επιπλοκές που προκάλεσε η αμελημένη περισφιγμένη κήλη του.
Σήμερα, ο Νίκος Σκαλκώτας θεωρείται ένας από τους σημαντικούς συνθέτες του 20ού αιώνα. Ο μουσικολόγος και κριτικός Χανς Κέλερ πλειοδοτεί και σε ένα κείμενό του αναφέρει ως κορυφαίους συνθέτες του 20ου αιώνα τα τέσσερα «Σ»: Σένμπεργκ, Στραβίνσκι, Σκαλκώτας και Σοστακόβιτς.
Το βίντεο – ντοκουμέντο από το αρχείο της ΕΡΤ του 1979, έχει αξία γιατί μιλούν για αυτόν, άνθρωποι που τον γνώρισαν. Εμφανίζονται ο Γιάννης Παπαϊωάννου, Γιάννης Κωνσταντινίδης ( Κώστας Γιαννίδης ), η αδελφή του, η γυναίκα του, ο Νίκος Μαμαγκάκης κ.α.
Εδώ το βίντεο της ΕΡΤ
Εκτός βέβαια από τους «Ελληνικούς χορούς» που είναι το γνωστό έργο του, παρακάτω δίνουμε :
1) Την σύνθεση του «Η θάλασσα» που έχει χαρακτήρα συμφωνικής σουίτας.
2) Μια διασκευή της «Αραπιάς» του Βασίλη Τσιτσάνη.
