Πρωτοστάτησε μαζί με άλλους αναρχικούς στην απόκρουση των εθνικιστών στη Βαρκελώνη τον Ιούλη του 1936 και πολέμησε εναντίον των εθνικιστών σε διάφορα μέτωπα. Ως στρατιωτικός διοικητής αναρχικών πολιτοφυλακών εφάρμοσε αυστηρή πειθαρχία στο τμήμα του. Σκοτώθηκε στη Μαδρίτη πιθανότατα σε ατύχημα και η κηδεία του ήταν η μεγαλύτερη που είχε γίνει στη Μαδρίτη. 

Ο Μπουεναβεντούρα Ντουρρούτι υπήρξε μία από τις πιο εμβληματικές φυσιογνωμίες του ισπανικού επαναστατικού κινήματος και του αγώνα ενάντια στον φασισμό κατά τον Ισπανικό Εμφύλιο Πόλεμο. Εργάτης μηχανικός, συνδικαλιστής της CNT και μέλος της FAI, συνέδεσε τη ζωή του με την υπόθεση της κοινωνικής απελευθέρωσης.

Μετά το πραξικόπημα του Φράνκο το 1936, ο Ντουρρούτι ανέλαβε καθοριστικό ρόλο στην οργάνωση των αναρχικών φάλαγγων που σχηματίστηκαν για την άμυνα της Επανάστασης. Η Φάλαγγα Ντουρρούτι, αποτελούμενη κυρίως από εργάτες και αγρότες, ξεχώρισε για την πειθαρχία, την αυτοοργάνωση και την αντι-ιεραρχική της δομή. Κεντρική της αρχή ήταν ότι ο πόλεμος κατά του φασισμού δεν μπορούσε να διαχωριστεί από τον κοινωνικό αγώνα για την κατάργηση της εκμετάλλευσης και της εξουσίας.

Στη Μάχη της Μαδρίτης (Νοέμβριος 1936), ο Ντουρρούτι και οι μαχητές του στάθηκαν στην πρώτη γραμμή της άμυνας, συμβάλλοντας καθοριστικά στην αποτροπή της κατάληψης της πόλης από τους φρανκιστές. Η στρατιωτική του ικανότητα, η επιμονή του στη συλλογική πειθαρχία και η πίστη του στα αναρχικά ιδανικά τον ανέδειξαν σε σύμβολο της αντιφασιστικής αντίστασης.

Ο Ντουρρούτι υποστήριζε ότι η επαναστατική πειθαρχία δεν επιβάλλεται από πάνω, αλλά προκύπτει από τη συνειδητή συμμετοχή και ευθύνη κάθε αγωνιστή. Αντιτάχθηκε στις απόπειρες στρατιωτικοποίησης των πολιτοφυλακών και προειδοποιούσε ότι η επιστροφή στις παλιές μορφές εξουσίας θα υπονόμευε τον ίδιο τον σκοπό της Επανάστασης.

Στις 20 Νοεμβρίου 1936 τραυματίστηκε θανάσιμα στη Μαδρίτη, υπό αδιευκρίνιστες συνθήκες. Η επίσημη εκδοχή μιλά για τυχαίο πυροβολισμό, ωστόσο η αιτία του θανάτου του παραμένει αντικείμενο αντιπαράθεσης — άλλοι τη συνέδεσαν με εσωτερικές εντάσεις και πολιτικές διαμάχες μέσα στο ίδιο το αντιφασιστικό στρατόπεδο.

Ο Ντουρρούτι παρέμεινε πιστός στις αρχές του μέχρι το τέλος. Για εκείνον, ο αγώνας ενάντια στον φασισμό ήταν ταυτόχρονα αγώνας για έναν κόσμο χωρίς εξουσία, χωρίς αφεντικά και χωρίς κράτος.

Η φράση του “Κουβαλάμε έναν νέο κόσμο στις καρδιές μας” συνοψίζει το πολιτικό και ηθικό του όραμα: μια κοινωνία ελευθερίας, ισότητας και αλληλεγγύης, που θα γεννηθεί μέσα από τη δράση των ίδιων των ανθρώπων.