Ο Στέφανος Τραχανάς από το 1986 και µετά είναι µέλος του επιστηµονικού προσωπικού του Ιδρύµατος Τεχνολογίας και Έρευνας, και η διδασκαλία του στο τµήµα Φυσικής προσφέρεται δωρεάν.
Ιδρυτικό µέλος και διευθυντής των Πανεπιστηµιακών Εκδόσεων Κρήτης (ΠΕΚ) του Ιδρύµατος Τεχνολογίας και Έρευνας µέχρι το 2013, είχε τη βασική ευθύνη για τη δηµιουργία του πρώτου πανεπιστηµιακού εκδοτικού οίκου της χώρας.
Τα τελευταία χρόνια, το ενδιαφέρον του στράφηκε στα ανοικτά διαδικτυακά µαθήµατα και τους νέους δρόµους που αυτά ανοίγουν για την εξίσωση των ευκαιριών στην ποιοτική εκπαίδευση.
Πιστεύοντας ότι η χώρα µας δεν µπορεί να µείνει έξω από τις επαναστατικές αλλαγές που συντελούνται αλλού σε αυτό το θέµα, πήρε την πρωτοβουλία για την ίδρυση του Κέντρου Ανοικτών ∆ιαδικτυακών Μαθηµάτων Mathesis –ενός αυτόνοµου και αυτοχρηµατοδοτούµενου τµήµατος των ΠΕΚ– στο οποίο και προσφέρει εθελοντικά την εργασία του, τόσο ως διευθυντής του όσο και ως δάσκαλος ή συγγραφέας. Η επιτυχία του «πειράµατος» είναι το προσωπικό του στοίχηµα για τα επόµενα χρόνια.